2025年10月18日，在第四届全国系统生物学大会“AI for Systems Health & Disease”特别主题日上，国家蛋白质科学研究（上海）设施（以下简称“蛋白质设施”）与上海临床研究中心联合实验室正式揭牌成立。蛋白质设施主任吴家睿与上海临床研究中心领导小组成员陈沅恺共同为联合实验室揭牌，并正式发布“Systems Health & Disease（SHD）系统健康与疾病数据库”。

此次合作标志着蛋白质设施在推动系统生物学与临床医学深度融合方面迈出关键一步，为我国精准医疗与主动健康战略注入新动能。联合实验室将依托蛋白质设施在蛋白质科学前沿技术平台的研发优势，结合上海临床研究中心的临床资源与医学实践，构建“临床驱动+大科学平台+临床应用”的全链条合作范式，联合实验室将面向全国医疗机构、科研团队开放。

蛋白质设施副主任、联合实验室负责人曾嵘介绍，实验室将以临床问题为起点，利用蛋白质设施的高通量、高精度技术平台，开展多中心组学数据采集、疾病生物标志物发现、药物靶点验证等研究，并推动成果向临床诊疗转化，并致力于培养具备系统生物学视野的临床科研复合型人才。

基于蛋白质设施和上海临床研究中心临床系统生物学平台的前期工作，联合实验室首次发布了Systems Health & Disease（SHD）数据库。该数据库是基于系统生物学框架构建的大型人群多组学资源平台，整合了蛋白质组、代谢组等多维数据，汇聚社区人群、疾病队列及临床试验等多源队列资源。SHD数据库旨在突破传统单一层次、单一人群的数据局限，系统解析健康与疾病状态的个性化分子网络，为精准诊疗、药物研发和健康管理提供数据支撑。

未来，SHD数据库将持续扩展数据规模与覆盖维度，并引入人工智能技术，实现多层次、跨尺度数据的智能整合与标准化分析。蛋白质设施将携手临床与研究伙伴，推动SHD数据库向医院、科研机构与创新企业开放，构建可持续、可迭代的数据赋能生态。

此次联合实验室的成立与SHD数据库的发布是蛋白质设施践行“大科学设施服务人民生命健康”使命的重要实践。蛋白质设施将继续发挥其在蛋白质科学研究与技术开发中的引领作用，推动系统生物学与临床医学的交叉融合，为我国生物医学创新与健康事业发展贡献力量。